1、如果外贸企业进项专用发票是用于出口而采购货物的，则在输完时，在"不允许抵扣"前打勾。
外贸企业拿到当月增值税专用发票后都应及时通过进项发票认证，并区分为用于出口而采购货物的防伪税控增值税专用发票和用于内销而采购货物的防伪税控增值税专用发票，前者是属于按税法规定不允许抵扣的专用发票。
2、出口货物免税销售额输入“附表一”第三项的免征增值税货物及劳务销售明细，只能按照出口发票上的开票日期填，滞后开票是不允许的，以后尽量避免。在"是否免税"那里打勾。

增值税一般纳税人外贸流通企业(以下简称外贸企业)由于自身经营业务的特殊性，其增值税纳税申报也同样与其他企业有所区别，从当前申报情况来看，因不理解政策，而造成申报错误的情况较多，主要表现在：
1、混淆增值税专用发票(抵扣联)的用途。外贸企业为出口而采购货物的增值税专用发票是退税凭证，而非抵扣凭证，属于税法规定的不能抵扣的情况，应计入申报表“附表二”的第26栏“按照税法规定不允许抵扣”，而当前许多企业在申报时将其误记入进项税额参与抵扣。2、混淆增值税一般纳税人辅导期概念。处于辅导期的外贸企业未区分内销和出口货物取得专用发票情况，笼统认为外贸企业取得的专用发票税额都要延迟一个月抵扣，其实，外贸企业用于出口货物取得的专用发票属于不准抵扣范围，也就不存在延迟一个月抵扣和“先比对、后抵扣”之说。3、混淆“免、抵、退”办法退税。有的外贸企业增值税申报时，用于出口货物取得的专用发票经退税机关审核的退税额，与从事生产经营企业采用“免、抵、退”办法取得的退税额相混淆，错将外贸企业的退税额也填入了增值税申报表的“免抵退货物应退税额”栏。  以上问题的存在，造成了不同企业之间申报表的表表之间、各项栏次之间数据填列规则不一，不利于企业申报数据信息的解读与分析利用，为此，应统一外贸企业出口业务的增值税纳税申报表填制方法。

 那么，外贸企业应如何正确办理纳税申报呢？ 
 首先，外贸企业拿到当月增值税专用发票后都应及时通过进项发票认证，并区分为用于出口而采购货物的防伪税控增值税专用发票和用于内销而采购货物的防伪税控增值税专用发票，前者是属于按税法规定不允许抵扣的专用发票。  其次，认真做好月初的申报工作。在月初申报时，可按照网上申报自助服务系统的提示进行如下操作：第一步：打开“不抵扣发票”表格，填写不抵扣专用发票代码和号码，如果只经营出口业务的可直接按表格下方“抵扣转不抵扣(全部)”即可。第二步：下载“附表三”和“附表四”。第三步：填写“附表一”和“附表二”。出口货物免税销售额输入“附表一”第三项的免征增值税货物及劳务销售明细，出口货物和内销货物的销售额要严格区分开。“附表二” 第3栏为“前期认证相符且本期申报抵扣”专用发票数据，是以前所属期认证的发票通过金税工程稽核比对无误后允许抵扣专用发票的数据(反映用于内销货物取得的进项发票“先比对、后抵扣”的情况)，第23栏为“期初已认证相符但未申报抵扣”专用发票数据，与上期第25栏数据相等．第24栏为“本期已认证相符且本期未申报抵扣”专用发票数据，与“附表三”中发票份数、金额、税额相等，第25栏为“期末已认证相符且未申报抵扣”专用发票的数据，第26栏为“其中：按税法规定不允许抵扣”专用发票数据。第四步：填写资产负债表和损益表，再填写增值税申报表，增值税申报表的数据都是由以上各表中自动取得不必做任何改动。第五步：点击“全申报”，整个申报过程结束。  以上是外贸企业都会经历的一般纳税人辅导期申报方法，辅导期满后，符合条件的经税务机关批准后才能成为正式一般纳税人，之后可以享受进项发票“当月认证、当月抵扣”的权利，第三步“附表二”中的第2栏反应用于内销而采购货物的防伪税控增值税专用发票的进项税额。其他表格填制方法不变。  为此，请相关的外贸企业按规定进行申报，如果有因以前错误申报形成了上期留抵税额(内销货物取得专用发票形成的除外)，请先统一采用进项税额转出方法一次性冲减纠正，办法是在“附表二”的第18栏填写因错误申报形成的上期留抵税额即可，以确保以后增值税申报的上期留抵税额正确，提高外贸企业的申报质量。