根据《国家税务总局关于发布〈出口货物税收函调管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2010第11号）第五条、第六条、第十五条规定，对文件规定出口企业或供货企业为关注企业要加强出口退税审核的，主管出口退税的税务机关应要求出口企业填报《外贸企业出口业务自查表》或《生产企业出口业务自查表》，并分析有关内容。退税机关对自查表分析核查后未发现明显疑点的，可根据审核、审批程序办理出口退税。核查后不能排除明显疑点的，应通过函调系统向出口货物供货企业所在地县以上税务机关发函调查，并依据复函情况按规定进行处理。
　　未收到复函前，对于尚未办理的出口退税，暂不办理。对于复函确认供货企业存在虚开增值税专用发票等问题，不得办理出口退税。对于复函确认供货企业存在涉嫌虚开增值税专用发票等疑点，暂缓办理出口退税。待复函税务机关再次复函排除相应疑点后，方可办理出口退税。对于正常业务复函，退税机关应根据出口退税审核审批相关规定办理出口退税。
　　 根据《国家税务总局关于下发第一批出口退税审核特别关注信息的通知》（国税函〔2010〕143号）第一条规定，出口企业从第一批出口退税审核特别关注信息所列供货企业购货出口申报退税，尚未通过审核或虽已通过审核但尚未办理退税的，各地税务机关要通过发函调查或实地核查等手段加大出口退税审核力度，核实无问题后方可办理退税。对已办理退税的，如核查发现问题，按有关规定处理。
　　《国家税务总局关于下发第二批出口退税审核特别关注信息的通知》（国税函〔2010〕171号）第二条规定，出口退税审核系统将在出口退税审核过程中，自动比对出口企业申报信息与出口退税审核特别关注信息并作出提示：1.经比对发现出口企业从出口退税审核特别关注信息所列供货企业购货出口申报退税的，各地税务机关要加大出口退税审核力度，核实后按规定办理。2.经比对发现出口企业使用虚开增值税专用发票申报退税的，应立即转稽查部门处理。3.经比对发现出口企业从特别关注信息所列“办理税务登记两年以内注销的增值税企业”以外的企业购货出口申报退税的，要对出口企业货物起运地、购进货物的货款支付、运费支付等情况进行核查，查清出口企业货物流、资金流是否合理。需进一步核实的，要通过函调或实地核查核实其真实供货、生产能力及纳税等情况。4.经比对发现出口企业从已注销企业购货出口申报退税的，如通过发函调查无法核实其真实供货情况，要对出口企业货物起运地、购进货物的货款支付、运费支付等情况进行核查，查清出口企业货物流、资金流是否合理。