销售方作废增值税专用发票，购货方认证并抵扣，属于认证后失控发票，对于“认证后失控”并已抵扣进项税额的发票，应比照专用发票稽核系统发现涉嫌违规即“比对不符”、“缺联”和“作废”等类型的发票，在发现当月的税款所属期先作进项转出，再根据审核检查结果依规定作最终处理。
如果该失控发票属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。《国家税务总局关于印发〈增值税专用发票审核检查操作规程（试行）〉的通知》（国税发[2008]33号）第十八条第一款规定：属于"企业操作问题"和"税务机关操作问题或技术问题"的符合税法规定抵扣条件的稽核比对结果属于异常的增值税专用发票可以抵扣。