分支机构享受所得减免、研发费用加计扣除、安置残疾人员、促进就业、部分区域性税收优惠（西部大开发、经济特区、上海浦东新区、深圳前海、广东横琴、福建平潭），以及购置环境保护、节能节水、安全生产等专用设备投资抵免税额优惠，由二级分支机构向其主管税务机关备案。其他优惠事项由总机构统一备案。

跨地区经营汇总纳税总机构应当汇总所属二级分支机构已备案优惠事项，填报《汇总纳税企业分支机构已备案优惠事项清单》办理备案，办理方式包括通过网上报送和前台报送。