（1）    个体工商户申请办理注销登记时，工商行政管理部门首先需通过信息系统查证该个体工商户否是有主管税务机关，有主管税务机关的个体工商户需提供税务机关开具的《清税证明》；无主管税务机关的个体工商户免予提交税务机关开具的《清税证明》。
税务机关应当实时向工商部门传输个体工商户的主管税务机关数据。工商部门以税务机关传输的主管税务机关数据作为判断个体工商户是否办理涉税事项情形的依据，没有主管税务机关数据的，视为该个体工商户无主管税务机关。
（2）    申请人提交的申请材料齐全，符合法定形式的，予以受理，发放受理通知书；申请材料不齐全或不符合法定形式的，发放不予受理通知书。
（3）    审核通过的，打印发放核准通知书；审核不通过的，打印发放不予核准通知书。
（4）    进行双告知。
（5）    如果有统一社会信用代码的，向税务机关传输注销信息；没有统一社会信用代码的，则无需传输注销信息。
2.税务流程
（1）     个体工商户办理清税申报时，应填写《个体工商户清税申报表》。个体工商户可向国税、地税任何一方主管税务机关提出清税申报，税务机关受理后应将清税申报信息同时传递给另一方税务机关，国税、地税主管税务机关按照各自职责分别进行清税，限时办理。清税完毕后一方税务机关及时将本部门的清税结果信息反馈给受理税务机关，由受理税务机关根据国税、地税清税结果向个体工商户出具《清税证明》，并将信息共享到交换平台。
对未在税务机关启用统一社会信用代码的个体工商户，需要《清税证明》的，主管税务机关通过外部信息交换系统获取工商部门推送的有关表单信息，在核心征管系统确认登记信息，进行税务管理，办理清税事宜。
（2）     主管税务机关出具《清税证明》后，核心征管系统记录该纳税人在税务机关已清税。工商部门核准注销登记后，向税务机关实时推送注销信息，外部信息交换系统将注销信息实时返回核心征管系统，核心征管系统记录该纳税人工商已注销。
（3）    《清税证明》开具超过30天，主管税务机关仍未收到工商部门注销信息的，应将该个体工商户纳入税收风险管理。
（4）     对其他个体工商户申请注销的，税务机关仍按原规定办理注销登记。